紫外線殺菌器殺菌原理是利用紫外線燈管輻照強度，即紫外線殺菌燈所發出之輻照強度，與被照消毒物的距離成反比。當輻照強度一定時，被照消毒物停留時間愈久，離殺菌燈管愈近，其殺菌效果愈好，反之愈差。
紫外線殺菌器的優勢主要體現在以下五大方面：
一、紫外線殺菌器運行安全、可靠：傳統的消毒技術如采用氯化物或臭氧，其消毒劑本身就是屬于劇毒、易燃的物質。而紫外線消毒系統不存在這樣的安全隱患。
二、紫外線殺菌器本及運行維護費用低：紫外線殺菌設備占地小，構筑物要求簡單，因此總投資較少。在運行方面成本也較低，在千噸水處理量水平，它的成本只是氯消毒的1/2。
三、紫外線殺菌器高效率殺菌：紫外線對細菌、病毒的殺菌使用一般在一至二秒即可達到99%-99.9%的殺菌率。
四、紫外線殺菌器無二次污染：紫外線殺菌不加入任何化學藥劑，因此它不會對水體和周圍環境產生二次污染。不改變水中任何成分。
五、紫外線殺菌器高效殺菌廣譜性：紫外線殺菌的廣譜性是最高的，它對幾乎所有的細菌、病毒都能高效率殺滅。
