生態(tài)凈化系統(tǒng)的設(shè)計和構(gòu)建的核心是依據(jù)生態(tài)原理，形成多層次的水生生物系統(tǒng)，構(gòu)建食物鏈，降解、固定或轉(zhuǎn)移污染物和營養(yǎng)物，并通過這個過程凈化水質(zhì)。其模式圖如下：

技術(shù)原理：

    通過生態(tài)修復(fù)技術(shù)種植和恢復(fù)水生植被特別是沉水植被，改善水質(zhì)，使水體清澈；并通過修復(fù)后的沉水植被的光合作用把大量的溶解氧帶入底泥，使淤泥中的氧化還原電位升高，促進(jìn)底棲生物包括水生昆蟲、蠕蟲、螺、貝的滋生，進(jìn)而使水體生態(tài)系統(tǒng)恢復(fù)多樣性；最后有序地放入魚、蝦、蟹類等原有土著水生動物，平衡沉水植被的生產(chǎn)力，同時優(yōu)化水體水生生物的多樣性，形成良性循環(huán)的水生生態(tài)自凈系統(tǒng)，全面恢復(fù)水生生態(tài)系統(tǒng)。于此同時，水體經(jīng)過生態(tài)系統(tǒng)營養(yǎng)成份的循環(huán)后得到凈化，就稱為水體的“生態(tài)自凈”。